當前，益生菌有益健康的理念已深入人心。關于益生菌的研究已經成為跨越食品科學、微生物學、醫學、營養學、免疫學和腸道健康科學等多個領域的研究熱點。目前益生菌產業還是以益生菌食品、益生菌膳食補充劑以及益生菌非處方藥等為主，其中乳制品仍然占據著主要部分。2016年，腸道微生態與健康的研究持續受到科技界的關注，其中益生菌與腸道微生態、益生菌與人體健康等研究已成學術研究領域的重點方向。

國內益生菌行業真正起步是從1999年開始，而一個成熟菌株的研發從菌株篩選、馴化到動物實驗、人體臨床試驗，往往需要數年甚至更長的時間。更不用說需要投入大量的經費和人員。所以目前來看，國內的益生菌行業，在是在益生菌研發、生產方面以及專利持有方面，與傳統益生菌開發強國尚存在15-30年差距。

近年來，全球益生菌市場一直處于高速發展的態勢。2014年全球益生菌的市場規模在170億美元，2016年市場規模達246億美元，增速144%。其中中國市場2016年市場規模約45億美元(約350億元人民幣)，近5年來我國益生菌產業每年以高于15%的增速快速增長。

朝氣蓬勃的益生菌產業，迅猛發展的同時也面臨著一些困難和問題：

一是行業標準缺乏。目前益生菌產品大量套用固體飲料、奶粉、果汁等行業標準，否則就無法注冊備案。

二是生產廠家過度夸大和盲目吹捧益生菌的功能。益生菌主要作用是膳食調理和亞健康的干預，一些不規范廠家甚至將益生菌的功能夸張到能包治百病。過分吹捧并不利于行業發展。

三是消費者對益生菌產品的期望值過高，很多消費者認為益生菌有減肥、降糖、降壓等等很多功能。

四是益生菌產品在市場上五花八門，爭議較多，一哄而上容易造成魚龍混雜，行業監管一時難以跟上。此外，益生菌產品無論是液體還是固體，重要的是要保證一定的菌量、菌素。有些益生菌比較敏感，需要在冷藏條件下存放，而目前少有固體產品能做到這一點，因此存在產品質量不穩定的風險。

消費者對益生菌的認知水平逐年上升。調查顯示，受訪消費者中有94.6%的人認為益生菌產品是健康食品;對益生菌食品有需求的消費者占到49.8%。此外，公眾對益生菌的認知程度可能有偏差，但是了解益生菌相關知識的人達到了調查人群的七成。然而，目前經常購買益生菌產品的人群僅有19.9%，而愿意消費更多益生菌產品的人群比例達40%。

我國消費者對益生菌的認知不斷提升，購買意愿也逐漸增加，隨著消費習慣的逐漸形成，我國益生菌食品行業未來發展潛力巨大。而在膳食補充領域，其市場普及率較低，仍待進一步開發。隨著消費結構的升級，我國居民對產品品質的需求不斷提升，這就要求我國益生菌行業未來要向高端化、品牌化、多元化趨勢發展。